故事的背景设定在1957年冷战时期。此时琼斯博士与旧爱玛丽昂·瑞文伍德的儿子已经长大成人。凯特·布兰切特所扮演的冷血苏联军官，为了找到传说中外星人留在地球上的“水晶头骨”，竟以玛丽昂为人质威逼琼斯博士。无奈之下，琼斯博士和儿子一起踏上了寻宝之旅。